Кафедра региональной истории организована  1 сентября 1993 года (Приказ №185-П от 2.06.93.) в результате выделения из кафедры отечественной истории. Образование кафедры было связано с внедрением в практику вузовского образования национально-регионального компонента. История Республики Марий Эл стала преподаваться не только на историко-филологическом и юридическом факультетах, но и для студентов всех специальностей. Кроме того, на кафедру возложено преподавание  отечественной истории для студентов негуманитарных специальностей. В отношении студентов исторического отделения кафедра региональной истории является выпускающей наряду с кафедрами всеобщей и отечественной истории.

При образовании кафедры в ее состав были переведены 7 преподавателей: профессор К.Н. Сануков (зав. кафедрой), доценты А.С. Патрушев и Т.М. Смирнова, старшие преподаватели, кандидаты исторических наук Г.Н. Крайнов, В.Ф. Абрамов, Н.Н. Шапиева, П.В. Ибраев. В последующем П.В. Ибраев перешел на работу в другой вуз. Г.Н. Крайнов, окончив докторантуру и став профессором, тоже перешел в другой вуз. В.Ф. Абрамов не вернулся на кафедру после докторантуры и защиты докторской диссертации. В 1997 г. старшим преподавателем принят И.Ф. Ялтаев. В настоящее время в штатном расписании кафедры 5 единиц. Штатными преподавателями работают 1 профессор (К.Н. Сануков) и 4 доцента (А.С. Патрушев, Т.М. Смирнова, Н.Н. Шапиева, И.Ф. Ялтаев). Кроме того, на условиях почасовой работы преподают доктор культорологии Г.Е. Шкалина, кандидаты исторических наук Т.Л. Молотова. Под научным руководством профессора К.Н. Санукова защитили кандидатские диссертации 8 аспирантов и соискателей: О.Н. Сутырина, Л.П. Москвина, И.Ф. Ялтаев, Р.И. Чузаев, Е.А. Ожиганова, Н.А. Ефимова, С.К. Свечников, А.Г. Ошаев. В настоящее время в аспирантуре обучаются 1 аспирант, завершили учебу 3 аспиранта.

Сотрудники и аспиранты кафедры активно участвуют в научно-исследовательской работе по проблемам истории Марий Эл, Поволжья и финно-угорских народов. Преподавателями кафедры опубликовано: К.Н. Сануковым 417 работ, А.С. Патрушевым 68 работ, Т.М Смирновой 34 работы, Н.Н. Шапиевой 23 работы, И.Ф. Ялтаевым 25 работ. Среди научных трудов имеются монографии: Сануков К.Н. «Из истории Марий Эл: Трагедия 30-х годов» (2000 г.), «Председатель исполкома: Очерк жизни и деятельности И.П. Петрова (1893-1938)» (2000 г.), «Путь в науку и в науке» (2004); Патрушев А.С. «Марийская деревня в период империализма» (1974 г.), «Ленинский путь марийского крестьянства» (1970 г.), «С.Г. Чавайн в Казани. Годы учебы в учительской семинарии» (1973 г.).

 Эти авторы участвовали в написании обобщающего труда «История Марийской АССР» ( Т.1,2. 1986-1987 гг.). Кроме научных трудов, кафедрой изданы учебно-методические пособия: Сануков К.Н. (в соавторстве с Пашуковым В.Ф. и Захаровой С.П.). История Марийской АССР (первое издание – 1968 г, седьмое – 1992 г.); Сануков К.Н. (в соавторстве с А.Г. Ивановым). История марийского народа ( на марийском языке – 1998 г., на русском – 1999 г.); Сануков К.Н. Проблемы истории и возрождения финно-угорских народов (1994 г.); Сануков К.Н. История Республики Марий Эл. Программа курса и планы семинарских занятий (2001 г.); Смирнова Т.М., Шапиева Н.Н. История Республики Марий Эл. Программа курса семинарских занятий с методическими указаниями для студентов негуманитарных специальностей (1999 г.); Москвина Л.П., Смирнова Т.М., Сутырина О.Н., Шапиева Н.Н. История России. Планы семинарских занятий (2000 г.); И.Ф. Ялтаев. Н.Н. Шапиева и др. Отечественная история. Программа курса для студентов негуманитарных факультетов (2002); И.Ф. Ялтаев История России. Планы семинарских занятий для слушателей подготовительного отделения (2002).

Члены кафедры участвуют в общественной жизни республики. Доцент А.С. Патрушев в 1990-1993 гг. был председателем правления общества «Марий Ушем», в настоящее время является членом правления этой организации, избирался депутатом Городского Совета народных депутатов. К.Н. Сануков является председателем обществ «Марий Эл – Венгрия» и «Мемориал», главным редактором журнала «Финно-угроведение». К.Н. Санукову присвоены звания «Заслуженного работника высшей школы Российской Федерации», «Заслуженного деятеля науки Республики Марий Эл», «Почетного гражданина города Йошкар-Ола», он избран действительным членом Академии гуманитарных наук. А.С. Патрушеву присвоено почетное звание «Заслуженного деятеля науки Республики Марий Эл».

Кафедра региональной истории укомплектована квалифицированными кадрами, имеющими большой опыт педагогической работы в вузе и успешно выполняющими научно-исследовательскую работу. Перспективы кафедры определяются тем, что в учебных заведениях республики введен и активно внедряется национально-региональный компонент – «История и культура народов Республики Марий Эл».